Poniższy skrypt PowerShell umożliwia automatyczną kompresję materiałów video w folderze i podfolderach.

gci . *.mp4 -R | 
foreach-object {
 $saveBase = "v:\handbrake"
 $curDir = (Get-Item -Path ".\" -Verbose).FullName
 $inName = $_.BaseName + $_.Extension
 $inFile = $_.DirectoryName + "\" + $inName
 $outFile = $saveBase + $inFile.replace($curDir, "")
 $outDir = $outFile.replace($inName, "")
 New-Item -path "$outDir" -type directory -force
 echo "Working on $inFile"
 echo "Saving to $outFile"
 &"C:\Program Files\HandBrake\HandBrakeCLI.exe" -i "$inFile" -o "$outFile" --preset "Very Fast 1080p30"
}

Źródła i inne tematycznie związane artykuły:
http://www.codegist.net/search/handbrake%20recursive%20encode/1
https://dzone.com/articles/poor-mans-batch-encoding-with-handbrake
https://www.hanselman.com/blog/BatchConvertingADirectoryTreeOfVideosRecursivelyWithHandbrakeForStreamingToAnXbox360.aspx
https://jorge.fbarr.net/2012/05/19/batch-convert-videos-using-handbrake-and-a-script/